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Thématiques de Recherche

Glycoprotéome et polysaccharidome:

Le glycoprotéome de la graine d'Arabidopsis thaliana est étudié dans le cadre du Programme GENOPLANTE et est utilisé comme outil dans l'étude du développement et de la germination de la graine. L'étude du polysaccharidome d'A. thaliana et son automatisation font l'objet d'une collaboration avec le Max Planck Institute de Berlin. Ce programme a pour objectif d'établir le contenu qualitatif en polysaccharides de la paroi chez un mutant végétal ou chez une plante soumise à diverses conditions physiologiques.

Contacts : P. Lerouge et L. Faye.

Protéomique des biofilms:

Afin d'identifier les protéines impliquées dans la résistance aux antibiotiques des bactéries organisées en biofilm, une étude comparative des protéomes des micro-organismes (Pseudomonas aeruginosa, Acinetobater baumannii, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Escherichia coli et Yersinia ruckeri) cultivés en suspension et en biofilm a été entreprise. Ces travaux ont, entre autre, pour but de comprendre les mécanismes de résistance des biofilms de P. aeruginosa développés dans les poumons des patients atteints de mucoviscidose. L'objectif, à terme, est d'identifier de nouvelles cibles moléculaires permettant d'éradiquer ces biofilms.

Contacts : T. Jouenne et J.F. Lemeland.

PACAP:

Lorsque les cellules de phéochromocytome de la lignée tumorale PC12 sont traitées avec le Pituitary Adenylate Cyclase-Activating Polypeptide (PACAP), elles cessent de se multiplier et prennent un phénotype neuronal. Afin de caractériser des protéines potentiellement impliquées dans ce processus de différenciation, nous étudions le protéome de cellules PC12 après différents temps de traitement en présence du neuropeptide PACAP. En invalidant les protéines régulées, nous rechercherons ensuite leur implication fonctionnelle. L'objectif, à terme, est d'identifier de nouvelles cibles moléculaires contrôlant l'apoptose ou la différenciation cellulaire pour essayer de développer des traitements contre certaines formes de cancers.

Contact : D. Vaudry.

Membranomes:

Le premier axe concerne l'étude du sous-protéome membranaires de diverses bactéries (P.aeruginosa, A.baumannii, S. epidermidis) dans le but d'identifier les mécanismes moléculaires impliqués dans la multirésistance. Les canaux formés par certaines protéines (porines ou protéines d'efflux) sont reconstitués par une approche en bicouches lipidiques planes. Une partie de ces travaux (protéome d'Acinetobacter baumannii) est réalisée en collaboration avec le GENOSCOPE d'Evry.

Un deuxième axe concerne l'étude du protéome de l'appareil de Golgi chez les plantes. L'objectif est d'identifier dans le génome d'Arabidopsis thaliana des candidats potentiels impliqués dans la biosynthèse des polymères de paroi, dans la biosynthèse et la maturation des glycannes N- et O-liés mais aussi dans le transport des protéines d'une saccules à une autre et dans le maintien de la cohésion de l'appareil de Golgi. Les études menées dans les systèmes eucaryotes ont permis de mettre en évidence que les protéines résidentes de l'appareil de Golgi sont exclusivement des protéines membranaires.

Contacts : T. Jouenne et L. Faye D.

La protéomique ciblée et l'analyse interactomique:

L'approche protéomique ciblée a pour objectif d'identifier et de caractériser les partenaires protéiques de protéines ou ligands d'intérêt. On peut utiliser le crible de ces interactions protéine-protéine pour ne séparer que les produits biologiques à caractériser ou au contraire les partenaires peuvent être mis en évidence après la séparation initiale. En couplant l'électrophorèse bidimensionnelle, le Western blotting et la spectrométrie de masse, cette approche a été développée pour explorer le répertoire des anticorps et caractériser leurs cibles autoantigéniques dans les maladies auto-immunes. Le lupus érythémateux disséminé (LED), la polyarthrite rhumatoïde (PR) sont les principales pathogénies étudiées.

Contact : F. Tron

Contact : L. Faye.

Identification des acteurs moléculaires de la réponse aux xénobiotiques:

Les milieux aquatiques constituent le réceptacle final de nombreuses substances chimiques fabriquées par l'homme. Ces xénobiotiques sont susceptibles de générer des effets toxiques dont l'impact sur les organismes vivants doit être évalué conformément à la directive cadre européenne sur l'eau (Directive 2000/60/CE du parlement européen du 23 octobre 2000). Les travaux entrepris par les chercheurs de l'EA 3222 et de l'UMR 6270 visent à identifier les principaux acteurs moléculaires de résistance au stress chimique et de réparation des macromolécules cellulaires par des approches protéomiques et transcriptomiques en système ouvert.

Contact : F.Leboulenger.

Contact : J. Alexandre.



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